Сразу после запуска в серийное производство модели ЗАЗ-965 «Запорожец» в 1960 году у неё обнаружилось множество недостатков, в первую очередь низкая комфортабельность, очень небольшой объём багажника, проблемы с перегревом двигателя в жаркую погоду и устаревший дизайн, причём устранить эти недостатки без радикальной переделки автомобиля не представлялось возможным. Поэтому уже весной 1961 года на Запорожском автозаводе приступили к разработке новой модели автомобиля, создававшейся с учётом опыта производства и эксплуатации ЗАЗ-965[1]. В ноябре того же года ранний опытный образец новой модели был продемонстрирован на ВДНХ.

Между тем, недостаток опыта у конструкторов завода (предыдущая модель была передана на ЗАЗ в практически готовом виде, её разработку осуществлял конструкторский коллектив МЗМА в сотрудничестве с НАМИ[1]), а также иные факторы затянули внедрение новой модели в производство: первые серийные «Запорожцы» второго поколения сошли с конвейера только в 1966 году, причём во временном варианте комплектации адаптированным под новый кузов двигателем от предыдущей модели. Эти автомобили получили индекс ЗАЗ-966В — буква «В» означала «временный», указывая на то, что силовой агрегат МеМЗ-966В («тридцатка») объёмом 887 смі и мощностью 27…30 л. с. с вытяжным вентилятором вскоре будет заменён на новый, специально разработанный для данной модели автомобилей. Полномасштабное же производство ЗАЗ-966 с собственным силовым агрегатом МеМЗ-968 («сороковка» — 1198 смі, 40…43 л. с.) началось ещё позже, в 1968 году. Правда, некоторые модификации (в том числе инвалидные) ЗАЗ-966 и его преемника ЗАЗ-968 продолжали снабжаться двигателем МеМЗ-966, который в 1979 году был доработан (до варианта МеМЗ-966Г), получив более эффективную систему охлаждения от МеМЗ-968 с нагнетающим вентилятором, что позволило решить проблему перегрева и повысить мощность с 27 л. с. до 29 л. с.

Объёмы выпуска и поставок нового автомобиля при этом были существенно ниже плановых показателей, что вызвало активное обсуждение в тогдашней автомобильной прессе, недвусмысленно указывая на то, что и последовавшее за наконец-то состоявшимся освоением автомобиля в производстве наращивание масштабов его выпуска также проходило далеко не гладко. На запланированную производительность в 150 тысяч машин этой модели в год выйти так и не удалось, более того — лишь к 1973 году завод сумел подойти к рубежу в 100 тысяч автомобилей в год. В те годы в советском легковом автомобилестроении реализовывалось сразу нескольку крупных проектов, главным из которых были строительство и ввод в эксплуатацию Волжского автозавода — концентрация сил отрасли на этом направлении шла во вред остальным, включая и обновление модельного ряда ЗАЗа.

В 1968 году на автомобильной выставке в Брюселле ЗАЗ-966 был представлен в единственном экземпляре как «Yalta 1000», с двигателем водяного охлаждения от «Рено», для перспективного производства на бельгийском заводе «S.A. Scaldia-Volga»